空压机冷却器长时间使用后，冷却器水中的钙、镁等碳酸盐类物质会在其间构成水垢，水垢会影响冷却器正常的传热，使螺杆空压机进、排气温度增加，空气不能被冷却到预订的温度，直接影响到出产成本，甚至影响到安全运转。所以，依据详细情况应制定时清洗水垢的方案。
清洗水垢的办法有二种：一是机械办法，也即是物理清除法；另一种是化学法。
机械办法是用铁丝刷或用铁丝裹上布条在管内来回拖动，把管内的水垢消除掉。
化学办法，即是依据水垢通常为碱性物质的特点，用稀盐酸把水垢溶解掉。可是酸的含量不能太高，否则会腐蚀金属。详细的清洗办法：先制作稀盐酸溶液，将5～10KG盐酸参加100公斤水中，稀盐酸槽放在冷却器最低部，底部接一个皮管到小水泵，水泵与清洗的冷却器通道构成回路循环。水泵开动后用稀盐酸溶液进行循环清洗，通常清洗6小时摆布。如果冬天清洗，可把溶液加热到70～80度，以加速清洗速度，提高清洗效果。稀盐酸溶液清洗后，排出液体，然后用清水冲洗。为了防止酸性腐蚀，可用5%的苏打溶液循环清洗10分钟，最后用清水冲洗洁净。
